Ein polnischer und ein deutscher Geschäftsführer leiten gemeinsam das Deutsch-Polnische Jugendwerk. Sie werden von beiden Regierungen für jeweils fünf Jahre berufen und vor Amtsantritt von den Mitgliedern des Deutsch-Polnischen Jugendrats angehört.
Seit dem 1. April 2008 leiten Stephan Erb in Potsdam und Paweł Moras in Warschau das DPJW.
Doris Lemmermeier: 1.4.1998 - 31.3.2008
Michael Lingenthal: 1.1.1993 - 31.3.1998
Piotr Womela: 1.4.2003 - 30.9.2007
Piotr Łysakowski: 1.4.1998 - 31.3.2003
Stanisław Sulowski: 1.6.1996 - 31.3.1998
Dariusz Węglicki: 1.1.1993 - 31.5.1995